說到「改土歸流」，就不得不提到「土司制度」。作為中原王朝管理西北、西南地區少數民族的方式，土司制度有悠久的歷史。 它形成于宋元時期，主要針對邊疆的少數民族，在明朝的時候最繁盛，崩潰于清代，結束于20世紀初。
秦、漢、唐朝對西南少數民族地區的統治采用羈縻政策， 單從字面上理解，「羈」為馬絡頭，意思是用軍事和政治手段加以控制，「縻」則為牛靷，意喻著在經濟和物質上給予撫慰。北宋繼承并完善了羈縻制度，除了在部族首領之外，還委派中央政府任命的官員以加強監管。
不過宋朝能夠控制的西南地區面積畢竟有限，直到元代，才逐漸演化成了「土司制度」。可以說土司制度是在唐宋時期羈縻州縣制的基礎上發展而來的， 其實質就是「以土官治土民」，中原的王朝承認各少數民族的世襲首領地位，給予其官職頭銜，進行間接統治。
和中原王朝的諸侯王一樣，土司可以把職位傳給子孫，亦或是其他的親屬。同時土司在自己的領地內可以擁有一定數量的私人士兵、家丁和仆役，以維護自己的統治權威。 當然，土司也需要向皇帝進貢，并且承擔一定的稅金、傜役、并按照朝廷的敕令提供軍隊。
當然土司制度在當時有一定的先進性，但也存在著很大的弊端。由于土司官是世襲的，各地官員不能剝奪，于是有些土司官就是濫殺百姓，禍害邊境。他們擁有自己的人事權、兵權，不服中央的管理，跟周邊的土司發生戰斗，爭奪地盤，危害到正常的統治秩序。
于是明清時候的皇帝就采取取消土司世襲，改派流官，直接劃歸中央的政策，被稱之為——改土歸流。明朝雖然陸陸續續有改土歸流，但是實行的并不徹底， 大規模的改土歸流是在清朝時期，當然這也是因為清朝國力強盛，有能力去做這件事情。
當台灣、噶爾丹、沙俄這三方面的問題，都在康熙時期得到進一步的解決后。雍正便下定決心進行改土歸流，朝廷中總結歷代治邊疆經驗， 采取「改流之法，計擒為上策，兵剿為下策，令其投獻為上策，敕令投獻為下策。」
雍正四年（1726年），為了解決土司割據的威脅，在鄂爾泰的主持下，清政府首先在云貴地區展開了大規模的改土歸流。主動配合改流的土司，朝廷多授予現任武職或其他世襲官職以示優待。對土司中敢于頑固抗拒者，均以武力消滅。
到雍正九年（1731年），滇、黔、桂、川、湘、鄂6省改土歸流的目標基本實現。但由于投送力、管理能力的局限，清王朝中央認為「江（按 ：瀾滄江 ）外宜土不宜流 ，江內宜流不宜土」， 云南南部的中小土司得以保留。 而在川西藏區，許多藏族土司也并未被清王朝削除。
因此，在民國及共和國前期，又進行了大規模的改土歸流活動，土司制度終于徹底退出了歷史舞台。改土歸流減少了叛亂因素，加強了政府對邊疆的統治，有利于少數民族地區社會經濟的發展。
